Hanya ada satu Magi Craft Meister di dunia ini. Setelah kematian Meister terakhir lebih dari seribu tahun yang lalu, Jin Nidou dipindahkan ke dunia lain untuk meneruskan kehendaknya.

Setelah memperoleh pengetahuan Magi Craft Meister, Jin mencoba menggunakan gerbang warp, namun gerbang tersebut mengalami malfungsi dan membawanya ke tempat yang tidak dikenal. Bersamaan dengan itu, automata yang baru saja ia perbaiki juga menggunakan gerbang warp untuk mencari “ayahnya”. Demikianlah, perjalanan penciptaan Magi Craft Meister baru pun dimulai!